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홍준표 대구시장은 윤석열 대통령의 구속 기소에 대해 강한 유감을 표명했다. 그는 26일 SNS를 통해 수사권 없는 고위공직자수사처의 무효인 수사서류를 근거로 구속 기소한 검찰의 결정에 문제를 제기했다. 쟁점이 많은 사건임에도 불구속 수사가 가능했음에도 불필요하게 서둘렀고, 추가 수사 없이 면책적 기소한 점을 비판하며 향후 책임 문제를 재조사해야 한다고 주장했다.
검찰은 공수처의 공소제기 요구 후 3일 만에 윤 대통령을 구속 기소했으나, 법원이 구속 기한 연장을 불허함에 따라 피의자 조사 없이 기소했다. 홍 시장은 검찰이 수사권 없는 내란죄를 김용현 전 국방부 장관 등에 대한 수사를 통해 잘못을 저지르고도 계속 밀어붙이는 것은 불법을 불법으로 덮으려는 것으로 오해받을 수 있다고 지적했다. 그는 검찰의 잘못된 결정에 거듭 유감을 표하며 비판의 목소리를 높였다. 홍 시장은 이번 사건을 통해 검찰의 무리한 기소와 절차적 문제점을 강조했다.