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윤석열 대통령이 지난 3일 심야 비상계엄 선포 직후 야당 주요 정치인 체포를 국정원에 직접 지시했다는 주장이 제기되었다. 국정원 홍장원 1차장은 국회 정보위원회 면담에서 윤 대통령이 자신에게 체포 대상자 명단을 전달하며 방첩사령부 지원을 지시했다고 증언했다. 체포 명단에는 이재명, 한동훈 대표 등 주요 정치인들이 포함되어 있었다. 홍 차장은 방첩사령관에게 지시를 전달했고, 사령관은 체포를 위한 위치 추적을 요청했다. 하지만 홍 차장은 이를 ‘말이 안 된다’고 생각했다고 한다. 이후 국정원 수뇌부 회의에서 대통령의 지시가 보고되었으나, 조태용 국정원장은 별다른 조치를 취하지 않았다. 홍 차장은 대통령의 경질 지시 후 사직서를 제출했으나 반려되었다. 반면 조 원장은 대통령의 체포 지시가 없었다고 강력히 부인했다. 김용현 전 국방부 장관 또한 정치인 체포 지시는 없었다고 밝혔다. 현재 국정원의 주장과 대통령실의 반박이 첨예하게 대립하고 있다.