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윤석열 대통령은 3일 비상계엄 선포 직후 국가정보원 홍장원 1차장에게 전화해 정치권 주요 인사들을 체포하라는 지시를 내렸다. 대상에는 우원식 국회의장, 이재명 더불어민주당 대표, 한동훈 국민의힘 대표 등이 포함되었다. 대통령은 국정원에 대공 수사권을 부여하며 방첩사령부 지원을 명령했고, 자금과 인력을 무조건 지원하라고 지시했다.
홍 1차장은 여인형 방첩사령관에게 대통령의 지시를 전달했고, 여 사령관은 체포 대상자 명단을 제시하며 위치 추적을 요청했다. 명단에는 이재명 대표, 한동훈 대표 외에도 박찬대, 김민석, 정청래 의원 등 여야 의원들과 김어준 씨, 김민웅 씨 등이 포함되어 있었다. 방첩사는 이들을 체포해 시설에 구금하고 조사할 계획이었다.
홍 1차장은 대통령의 지시에 “미친 X이구나”, “말이 안 된다”며 당혹감을 표했고, 국정원 내부 회의에서도 우려가 제기되었다. 홍 1차장은 대통령의 경질 지시를 받고 사직서를 제출했으나, 이후 사직서가 반려되었다. 그는 이를 입막음용 조치로 의심했다. 홍 1차장은 비상계엄 실패 책임을 떠넘기려는 대통령의 행동이었다고 주장했다.