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윤석열 대통령의 지난 비상계엄 관련 지시를 두고 국정원장 조태용과 전 1차장 홍장원이 공개적으로 충돌했다. 홍 전 1차장은 윤 대통령이 국정원에 정치인 체포 작전에 협조하라는 지시를 했다고 주장하며, 이재명 대표와 한동훈 장관 등의 체포가 목표였다고 밝혔다. 그는 당시 조 원장에게 대통령의 지시를 전달받았으나, 조 원장은 제대로 된 조치를 취하지 않았다고 비판했다. 반면 조 원장은 대통령의 지시는 없었으며, 홍 전 1차장의 주장에 정략적 의도가 있다고 반박했다. 여인형 방첩사령관은 정치인 체포 명단에 대해 기억이 정확하지 않다고 답변을 회피했다. 국민의힘 이성권 의원 또한 대통령의 지시는 방첩사 지원이었지, 구체적인 체포 작전 내용은 아니었다고 주장했다. 홍 전 1차장의 경질 경위에 대해서도 양측의 주장이 엇갈린다. 홍 전 1차장은 대통령의 지시에 따른 것이라고 주장하는 반면, 조 원장은 본인이 대통령에게 경질을 건의했다고 밝혔다. 홍 전 1차장은 김용현 전 국방부 장관 면직 또한 비상계엄 건의가 아닌, 계엄 실패 때문이라고 주장하며, 국정원의 미온적인 대응에 대통령이 분노하여 자신을 경질했다고 해석했다. 결론적으로, 비상계엄 당시 국정원의 역할과 대통령의 지시 내용을 둘러싸고 국정원 내부에서 극심한 갈등이 드러났다.