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3월 3일 비상계엄 발표 직후, 윤석열 대통령은 홍장원 국정원 1차장에게 전화하여 국군방첩사령부 지원을 지시했다. 대통령은 국정원에 대공 수사권을 부여하며 자금과 인력을 아끼지 말고 지원하라고 했다. 방첩사령관은 이재명, 우원식, 한동훈, 김민석, 박찬대, 정청래, 조국, 김어준, 김명수 전 대법관 등을 포함한 체포 대상자 명단을 국정원에 요청했고, 위치 추적을 요청했다. 홍 차장은 이 명단을 보고 충격을 받았으며, 방첩사의 체포 및 구금 계획에 부당함을 느꼈다. 국정원장은 비상계엄 상황에서 국정원의 역할에 대해 회의를 소집했으나, 적극적으로 개입하려 하지 않았다. 홍 차장은 대통령의 지시를 이행하지 않았고, 계엄 해제 후 퇴근했다. 홍 차장은 군 개입이 이번으로 끝나지 않을 것이라 예상하며, 김용현 국방부 장관 경질은 눈 가리기에 불과하다고 지적했다. 대통령의 지시에 따른 홍 차장 경질 시도가 있었으나, 사직서가 반려되었고, 홍 차장은 이를 입막음용으로 의심했다.